โครงการพระเมตตาสมเด็จย่า เล็งเห็นถึงความเสียสละของครูที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่ในถิ่นทุรกันดาร ซึ่งเป็นแบบอย่างของการพัฒนาเยาวชน และประชาชนให้เป็นคนดี และคนเก่งตามพระราชปณิธานของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี และพระปณิธานสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์จึงได้จัด โครงการครูดีเด่น  “รางวัลครูเจ้าฟ้ากรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์” ขึ้น เพื่อเป็นการน้อมรำลึกถึงพระราชกรณียกิจที่ทรงบำเพ็ญประโยชน์เป็นอเนกประการต่อปวงชน อีกทั้งยังเป็นการยกย่องเชิดชูเกียรติ และเป็นขวัญกำลังใจให้แก่ครูที่ปฏิบัติหน้าที่ด้วยความเสียสละความสุขส่วนตัว เพื่อส่วนรวมในท้องถิ่นทุรกันดาร และห่างไกลมาโดยตลอด อันเป็นแบบอย่างที่ดีแก่ครู นักเรียน ประชาชนทั่วไป

โดยมี ศาสตราจารย์นายแพทย์วิจารณ์ พานิช เป็นประธานคณะกรรมการโครงการครูดีเด่น ซึ่งได้พิจารณาคัดเลือกครูจาก 3 หน่วยงาน ได้แก่ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน (ตชด.) และสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย (กศน.) หน่วยงานละ 3 รางวัล รวมปีละ 9 รางวัล เริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ.2552 เป็นต้นมา โดยได้รับการสนับสนุนจากธนาคารไทยพาณิชย์ จำกัด (มหาชน) เป็นอย่างดีมาตั้งแต่เริ่มต้นโครงการ